Модуль «соя» платформы предиктивной селекции

Направления исследований

Создание базы данных фенотипов сои

Разработка методики ручного фенотипирования сои

Разработка методики цифрового фенотипирования сои, в т.ч. разработка методики формирования датасетов (съемки и разметки) фенотипических признаков сои

Создание базы данных генотипов сои

Бионформатический анализ

Формирования фонда молекулярных маркеров сои

Валидация и верификация молекулярных маркеров сои

Описание

Создание цифровой базы фенотипических параметров сои на основе разработанных методик ручного фенотипирования селекционных образцов сои, в соответствии с современными требованиями к проведению фенотипических исследований

Создание методики цифрового фенотипирования селекционных образцов сои на основе, разработанной методики формирования датасетов(съемки и разметки) фенотипических признаков сои с отработанными режимами съемки, параметрами фото-видео оборудования, климатических режимов Speed Breeding камер

Создание цифровой базы данных генотипических параметров сои на основе полногеномного секвенирования селекционных образцов сои с последующим проведением бионформатического анализа с целью оптимизации селекционного процесса путем сокращения числа скрещиваний с помощью панели молекулярных маркеров

Формирование фонда молекулярных маркеров, подтвердивших своё функциональное назначение на основе создания широкой базы данных с последующим регулярным её обновлением и добавлением маркеров

Решаемые задачи

Создание модели предиктивной селекции сои на основе сформированной цифровой базы данных фенотипических и генотипических признаков сои по средства

Проведение, отработка и подбор оптимальных параметров при проведении цифрового фенотипирования сои

Актуализация модели предиктивной селекции сои на основе формирования и регулярного обновления фонда молекулярных маркеров сои для валидации и верификации и формирования стратегии селекции и отбора линий с помощью технологии генетического скрининга

Предлагаемые решения

Создание цифровой базы данных фенотипических признаков сои для создания модуля "Соя" платформы предиктивной селекции, функционирование которой позволит перейти к созданию модели предиктивной селекции сои

Разработка методики цифрового фенотипирования, в том числе с отработанными оптимальными режимами съёмки, параметрами оборудования и режимами контролируемых условий, для улучшения и упрощения сбора данных при формировании, обновлении и дополнении базы данных фенотипических признаков

Создание и регулярная актуализация фонда молекулярных маркеров сои на основе полногеномного секвенирования селекционных образцов сои и анализа полученных данных секвенирования NGS короткими прочтениями, включающего анализ качества секвенирования, картирования данных на геном, выявление мутаций, GWAS анализ образцов по хозяйственно-полезным признакам

Результаты

Модуль «Соя» платформы предиктивной селекции

База данных фенотипических признаков сои

Методика ручного фенотипирования сои

Методика цифрового фенотипирования сои

Методика формирования датасетов (съемки и разметки) фенотипических признаков сои

База данных генотипических признаков сои

Результаты бионформатического анализа, формирования фонда молекулярных маркеров сои для последующей их верификации и валидации

Фонд молекулярных маркеров сои

Ответственный исполнитель

Центр геномной селекции и биотехнологий

Партнёры

ООО «Пластилин», РГАУ – МСХА им. Тимирязева, ООО «КлимБиоТех», ФГБНУ ВНИИСБ, ФГБНУ ФНЦ ВНИИ сои, ФГБНУ ФНЦ ВНИИМК, Дальневосточный ГАУ, Алтайский ГАУ, Брянский ГАУ, Вавиловский университет, Воронежский ГАУ, Иркутский ГАУ, Казанский ГАУ, Красноярский ГАУ, Курский ГАУ, Мичуринский ГАУ, Пензенский ГАУ, Рязанский ГАТУ, Удмуртский ГАУ.